Halverwege de 19e eeuw was de Joodse gemeente in Aalten zozeer in getal gegroeid, dat een woonhuis te klein werd voor de wekelijkse sabbatsvieringen. Men wilde een eigen sjoel, niet alleen voor de godsdienstoefeningen, maar ook voor het onderricht aan de jongeren. In 1857 werd daarom een synagoge gebouwd en in gebruik genomen. Het was een eenvoudig rechthoekig gebouw zonder architectonische bijzonderheden, doch functioneel voor de nog steeds niet rijke, maar wel orthodoxe Joodse gemeente. Over een architect is niets bekend.
De synagoge werd het centrum van een levendig gemeenschapsleven, dat voortduurde tot de ramp, die alle Joodse gemeenschappen trof in de jaren van de Duitse bezetting. De leden van de gemeente die niet op tijd konden onderduiken werden weggevoerd en vermoord. De synagoge werd grotendeels leeggeroofd en uitgebroken om het gebouw geschikt te maken voor de opslag van munitie.
Na de oorlog werden de wetsrollen, die in de oorlog verborgen waren, wel weer in het gebouw teruggebracht, maar een groot deel van de gemeenteleden die de oorlog overleefden verhuisde naar elders, waardoor de Joodse gemeente niet meer de kans had om op te bloeien. Het vereiste aantal mannen (minjan) voor het houden van diensten werd steeds vaker niet meer gehaald. De synagoge raakte in onbruik en dreigde te vervallen. In 1984 werd het gebouw verkocht aan de Stichting Vrienden van de Aaltense Synagoge, die de verantwoordelijkheid op zich heeft genomen voor een grondige restauratie. Op 29 december 1986 werd de synagoge met een plechtige chanoekaviering opnieuw ingewijd.